La prima chiesa in territorio cuprense dedicata a S. basso fu quella detta “alla Civita“, dove nel 723 arrivarono i monaci benedettini legati all’Abbazia di Farfa.
La struttura visibile oggi risale nella sua parte all’VIII – IX secolo, il nucleo originale è rappresentato dalla cripta a tre absidi, dove il corpo del Santo fu conservato fino al 904, allorquando il lunedi di Pasqua, stando ad antichi documenti, fu traslato al Castello di Marano e deposto provvisoriamente nella chiesa di S. Maria in Castello.
Verso la metà del XV secolo il corpo di S. Basso fu nuovamente trasferito nella chiesa di S. Margherita, restaurata ed ampliata nel 1392.
Il pontefice Sisto IV nel 1472 assegnava alla chiesa privilegi speciali ( facoltà di commutare i voti, di assolvere i peccati riservati e concedere le indulgenze per chi visitava il corpo del Santo nelle feste dedicate ).
Questo fu senza dubbio il periodo di maggior splendore, poichè il santuario divenne meta di pellegrinaggi da Nizza, dal Meridione d’italia e da tutto il litorale adriatico. nel 1818, con la cooperazione dell’Amministrazione comunale e delle Confraternite, fu creata la Collegiata di S. Basso.
Il 23 settembre 1888 il corpo del Santo fu solennemente traslato dalla Chiesa di S. Basso “alla marina”, posta in cima ad una coreografica scalinata, costruita dall’architetto V. Vespignani e consacrata nel 1887.
Nel 1930 la nuova chiesa fu definitivamente sistemata nel tetto e abbellita dagli affreschi del pittore G. Pauri